Tras la toma del reino nazarí de Granada en 1492 y en la que participó el segundo conde de Ureña, Juan Téllez Girón, la situación va a cambiar debido a la seguridad alcanzada tras esto.
Esta situación favorecerá que las fortalezas y los castillos se acondicionen como palacios y el caso del de Morón no es una excepción. Juan Téllez Girón decide acondicionarla como palacio para su primogénito, Pedro Girón, desarrollando un amplio programa de reformas, entre las que se encontraba el continuar con las obras de la gran torre del homenaje, que se habían comenzado en tiempos de la Orden de Alcántara, elevándola con 2 cuerpos más, y continuar con las obras para su acondicionamiento como palacio.
De estas reformas no han quedado restos, sólo descripciones posteriores como ésta del s.XVII:
[…] al castillo se entraba por la puerta del Cordón, dejando la torre del Homenaje a la izquierda, se llamaba así porque tenía un cordón hecho por el lado de dentro, todo alrededor de la portada, labrada de cantería con tanto primor que todos los que la veían se admiraban de que su arquitectura […] Entrando en el primer patio que era más largo que ancho, a la mano derecha estaban dos aljibes […] Saliendo de este patio se entraba en un claustro todo de mármoles muy gruesos, porque tenían otros encima para los cuerpos altos, más delgados y los pedreros que lo veía decían que eran labrados en Lisboa, corte de Portugal y que de ella se había traído; todo alrededor de este claustro había muchas salas, su grandeza mucha, los enmaridados de castaño, las puertas y quicios dorados; vi una sala llena de armas de todos los géneros […] la iglesia de la Magdalena estaba en medio del llano, que tiene dentro a la Torre y los condes de Ureña la entraron en el palacio, en una de las salas y allí hicieron una capilla, toda llena de rejas y balcones, así por dentro como por fuera, unos con azulejos, otros dorados, que eran la admiración de todos los que miraban […] sus salas estaban tan aderezadas que cuando los duques venían a esta villa, se aposentaban en él como en un palacio […]
Juan Téllez Girón murió en 1528 y le sucedió su hijo, Pedro Girón, que moría 3 años después (1531), sucediéndole su hermano, Juan Téllez Girón, Cuarto Conde de Ureña (su hijo Pedro Girón, se convertiría en el Primer Duque de Osuna).
El estreno de la fortaleza ya acondicionada como palacio no se producirá hasta 1552, cuando Leonor de Guzmán y Aragón, esposa de Pedro Girón (heredero del condado de Ureña y futuro primer duque de Osuna), decidiera usarla como residencia habitual, debido a las largas ausencias de su marido. Con este matrimonio se acabaron uniendo las casas de Ureña y de Medina Sidonia.
En 1558, moría Juan Téllez Girón y el condado de Ureña pasaría a manos de Pedro Girón, el cual decide establecerse en Castilla para estar más cerca del monarca, Felipe II, mientras que su mujer decide instalarse en Osuna, aunque fueron muy frecuentes sus visitas a la villa de Morón. Tras el traslado de la corte a Madrid, Pedro Girón se establecerá definitivamente en el palacio real madrileño. A partir de esta situación, los vecinos de Morón lucharán contra los representantes de Pedro Girón para conseguir su autogobierno, haciendo que la fortaleza quede, prácticamente, en desuso.
Pedro Girón no volvería a la villa de Morón hasta casi 10 años después, 1569, en un momento en el que Morón estaba siendo asolado por una enorme epidemia de peste y había una enorme hambruna debido a las guerras que mantenía el monarca con otros países europeos. Pronto volvería a establecerse en la corte de Madrid.
En 1590 moría don Pedro Girón y heredaba el condado de Ureña y el ducado de Osuna su hijo, Juan Téllez Girón.
Eran continuos los enfrentamientos entre Morón y los representantes del duque de Osuna por el deseo de desvincularse del ducado de Osuna.
A partir de estos momentos, los duques de Osuna harían visitas intermitentes a Morón, con lo que empezaría el progresivo abandono de la fortaleza.
A lo largo de los siglos XVII y XVIII, la fortaleza de Morón sufrió un continuo proceso de abandono, debido, principalmente, a que los duques de Osuna ya habían trasladado de forma definitiva su residencia a la ciudad de Osuna y la fortaleza perdió su uso como residencia palaciega.
Este periodo de abandono se verá interrumpido en el siglo XIX, con la llegada de las tropas francesas a nuestra localidad con la Guerra de la Independencia (1808 – 1814).
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