El castillo fue conquistado para los cristianos por el rey Fernando III en julio de 1240, tal y como se relata en la Crónica del Rey Santo, donde habla de Morón como un lugar fuerte y bien poblado, cambiando la situación al tener que marcharse la mayor parte de la población árabe, por lo que el cerro del castillo debió quedar asolado y maltrecho, siendo ocupado por escasos caballeros castellanos y algunos mudéjares, quienes debían defender la fortaleza para preparar la toma de Sevilla (algo que ocurrió en 1248).
En 1248, Fernando III le concedió un amplio heredamiento al infante don Enrique, el cual es nombrado señor de los castillos de Morón y Cote, con la condición de que estas fortalezas fueran devueltas a la Corona, cuando el infante ganase las plazas de Lebrija, Jerez, Arcos y Medina Sidonia.
Esta época, de graves conflictos con los árabes, hizo que la ciudad se convirtiera en una simple fortaleza cuya misión era servir de guarnición en época de guerras continuas.
A la muerte de Fernando III, en 1253 Alfonso X revoca las concesiones hechas por su padre, al infante don Enrique, ya que la “banda morisca” sería defendida por la propia Sevilla, permitiendo la repoblación del territorio con nobles cristianos, en detrimento de los mudéjares que pervivían en el castillo, los cuales fueron definitivamente expulsado de la villa en 1254.
En 1271, concedió Alfonso X a Morón el título de villa con una serie de privilegios entre los que destaca la conservación de los mismos términos que tenía en tiempo de los moros o el otorgamiento de las mismas franquicias que gozaban los caballeros del Concejo de Sevilla (por ejemplo, el tener un mercado el martes de cada semana para fomentar la repoblación).
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